清朝入关之后，面临的头等大事和历代开国时一样：怎么从一个以军事征服立国的政权，变成一个可以长期统治的王朝。
这个过程并不顺利。从顺治入关到康熙平定三藩之乱，将近四十年时间里，清朝的统治并不稳固。南方的南明政权坚持了十几年，东南沿海有郑成功，西南有永历朝廷，内地还有无数大大小小的反清武装。更要命的是，当初帮助清军打天下的三个汉人降将——吴三桂、尚可喜、耿精忠，被封为藩王，分别镇守云南、广东和福建，手握重兵，自行征税，形同独立王国。康熙皇帝少年继位，十六岁亲政，做的第一件大事就是撤藩。吴三桂起兵反清，自称“天下都招讨兵马大元帅”，一时之间南方各省纷纷响应，半个中国都脱离了清朝的控制。这场仗打了八年。最终吴三桂病死，清军逐个击破，平定了三藩之乱。
平定三藩，是清朝统治真正稳固下来的转折点。在此之前，满清贵族对于能不能长久统治中国，心里并不踏实。在此之后，他们的信心建立起来了。接下来的一系列动作——收台湾、平准噶尔、定西藏、收新疆，都是在巩固和扩张这个帝国。
公元1683年，康熙派施琅率水师东渡，攻克澎湖，台湾郑氏政权投降。郑成功当年从荷兰殖民者手中收复了台湾，他的子孙在这里据守二十余年，始终奉明朝正朔，至最后一刻也未向清朝屈服。随着郑氏政权的结束，台湾正式纳入清朝版图，设一府三县，隶属福建省。这片自古与大陆血脉相连的土地，在历经明末清初的动荡之后，终于重回中华一统的版图。
北方和西北的局势比东南沿海复杂得多。蒙古准噶尔部的噶尔丹是一个野心勃勃的领袖，他统一了漠西蒙古各部，又向东进攻漠北喀尔喀蒙古，兵锋一度直逼离北京只有几百里的乌兰布通。康熙三次亲征，在昭莫多一战中大败噶尔丹，噶尔丹兵败自杀。喀尔喀蒙古由此归附清朝。雍正和乾隆两朝继续对准噶尔用兵，最终在乾隆二十四年彻底平定了准噶尔部和南疆的大小和卓叛乱。天山南北从此置于清朝的直接管辖之下，称为新疆。这个名字是乾隆起的，意为“故土新归”。平心而论，将新疆重新纳入中央政府的有效管辖，对于中国疆域的形成意义重大。
西藏的归属也在这段时间确立。康熙末年，准噶尔部的另一支势力入侵西藏，杀死了拉藏汗。清朝派军队入藏驱逐准噶尔势力，护送七世达赖喇嘛回到拉萨，从此设立了驻藏大臣制度，代表中央政府监督西藏的政务。此后乾隆时期又正式确立了金瓶掣签制度，达赖喇嘛和班禅额尔德尼的转世灵童需要在驻藏大臣的监督下经由金瓶抽签来确定。这套制度将西藏的宗教领袖继承权置于中央政府的监督之下，确保了国家对西藏的主权管辖。
从康熙到乾隆，这前后一百三十多年间，清朝的版图空前辽阔，东起库页岛，西至巴尔喀什湖，北抵外兴安岭，南达南海诸岛。现代中国版图的轮廓，就是在这段时期基本奠定的。这是一个不容否认的客观事实。但同时也要看到，这个帝国的底色是一个少数族群对占人口绝大多数的汉族的统治，它的所有疆域扩张，本质上都是满洲贵族以武力征服完成的，其治理的逻辑是征服和控制，而不是什么仁政和德化。
在经济和社会方面，清初的几位皇帝确实做了一些有利于恢复生产的事。明末清初几十年的战乱，人口锐减，耕地大量荒芜。康熙宣布“盛世滋丁，永不加赋”，把新增人口的人丁税固定下来，不再随人口增长而增加。雍正进一步推行“摊丁入亩”，把人丁税全部摊入田赋里，按田地多少征收。这意味着，无地和少地的贫民不再需要缴纳人头税了。这是中国赋税制度史上的一次重大进步，客观上减轻了底层农民的负担，也刺激了人口的增长。乾隆末年，全国在册人口突破三亿。在一个以农立国的时代，人口的增长通常意味着农业生产的恢复和发展，也意味着政府可以征收更多的赋税、征发更多的劳役。但这个人口高峰也带来了新的问题——人均耕地越来越少，粮食压力越来越大，为后来的社会危机埋下了伏笔。
然而，这些政策的目的从来不是什么爱民如子，而是为了保障朝廷的赋税收入，巩固满洲贵族的统治基础。在摊丁入亩、减免赋税的表象之下，是极其严酷的阶级压迫和民族压迫。
清朝的君主专制在康熙、雍正、乾隆三朝达到了中国帝制时代的顶峰。明朝废了宰相，但内阁大学士和司礼监太监还能在一定程度上牵制皇权。清朝把这两条路都堵死了。军机处的设立是一个标志性事件。雍正年间，为了应对西北军务，设立了军机处，最初只是一个临时性的军事参谋机构，后来却演变成了处理全国军政大事的核心枢纽。军机大臣由皇帝亲自挑选，没有任何独立的职权，完全秉承皇帝的旨意办事。他们每天凌晨入宫，跪在地上听皇帝口授旨意，然后拟成文书，再呈皇帝审定。整个过程没有讨论，没有驳议，皇帝说什么就是什么。秦汉以来君权和相权的制衡传统，到此时被彻底终结。皇帝成了真正的孤家寡人，他的意志就是法律，他的喜怒就是国策。
与政治专制相配合的，是思想上严酷的钳制。文字狱在康熙、雍正、乾隆三朝愈演愈烈，其苛细和残酷，在中国历史上找不出第二个时期可以相比。
康熙朝有一桩著名的《明史》案。浙江湖州富户庄廷鑨双目失明，效仿左丘明，买来一部明代遗臣写的明史稿本，请人润色增补之后以自己的名义刊刻，书中在叙及明清之际的历史时用了南明的年号，对清军入关前后的史实也有所涉及。被人告发之后，庄廷鑨已死，被开棺戮尸。其父、其弟、为书作序者、刻书者、卖书者、藏书者，乃至当地官员，统统被株连。此案被杀者七十余人，流放者数百人。
雍正朝的文字狱更加恶劣，变成了打击政敌和异己的工具。年羹尧和隆科多都是雍正继位的大功臣，一旦失去了利用价值，雍正便从他们的文字中寻找罪名。“朝乾夕惕”出自《周易》，意思是从早到晚勤奋谨慎，不敢懈怠。年羹尧在奏折里本是想称颂雍正勤政，但不小心把顺序写成了“夕惕朝乾”，把晚上的惕厉放在了前面，白天的勤勉放到了后面。雍正抓住这个笔误大做文章，硬说年羹尧是故意把词语倒过来写，颠倒时序，意在讽刺皇帝“该勤政的时候不勤政”，是对皇帝的大不敬。这成了年羹尧的罪状之一。查嗣庭出了个科举考题，用了“维民所止”四个字，出自《诗经》，本意是赞美周文王。有人告发说“维”“止”二字是“雍正”砍去了头，雍正立即将查嗣庭下狱。查嗣庭在狱中被折磨致死，又被戮尸示众，家属流放。
乾隆朝的文字狱不仅数量最多，手段也最卑劣。为了彻底摧毁汉族士人的民族意识，乾隆在全国范围内大规模收缴、销毁涉及清初历史的书籍，凡是对清朝统治不利的记录，能烧的烧，能删的删。他还亲自发起了一场声势浩大的文化工程——编修《四库全书》。这部丛书收书三千四百多种，规模宏大，表面上是昭彰文治，实际上是一次空前规模的文化清洗。在修书的过程中，各地奉命搜缴上来的书籍中，被列入禁毁书目的多达三千多种，接近《四库全书》收书的总数。大量宋明以来记录汉族抗辽、抗金、抗元的文献被删除或篡改，岳飞《满江红》中“壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血”这样的句子在清朝成了忌讳。这个政权试图用刀斧和笔砚一同改写中国人的历史记忆。他们害怕历史的真相，害怕人民记起自己的根。
在这样的政治和思想高压下，整个社会的氛围可想而知。读书人噤若寒蝉，不敢议论时政，不敢研究经世致用的学问，纷纷钻进故纸堆里做考据训诂。这种学风是相对安全的，因为刻在龟甲和竹简上的文字不会触犯当朝的忌讳。清代的考据学因此达到极盛，出现了一批严谨的学者，这是事实。但一个时代最有才华的头脑都在研究古代的音韵和名物，而不敢关注现实、不敢思考未来，这本身就是一个巨大的悲剧。
外交和对外政策方面，清朝走向了全面的封闭和倒退。康熙年间，清朝为了应对郑氏政权在台湾的抗清活动，在东南沿海实行了残酷的迁界禁海政策，强迫福建、广东沿海居民内迁数十里，烧毁房屋和船只，沿海一带变成无人区，试图以此切断郑氏的海上补给和贸易。郑氏政权在郑成功及其后继者率领下，依托台湾并联络沿海民众，坚持抗清二十余年。直到1683年清军攻克台湾之后，海禁才一度有所松弛，乾隆年间又全面收紧，只保留广州一口对外通商，由指定的十三行垄断经营。外国商人不得在广州过冬，不得随意进城，不得和中国人自由贸易。对外贸易被严格控制在最小的范围内，任何有可能挑战官方权威的对外接触都被禁止。
闭关锁国的原因并不复杂。从经济上说，中国地大物博，小农经济自给自足，外部贸易对朝廷来说可有可无。从政治上看，清朝统治者最担心的就是汉人和外部势力接触。如果汉人在海外发展了势力，像郑成功那样以海岛上对抗大陆，那是心腹大患。所以必须把大海封锁起来，把所有可能威胁统治的对外接触统统切断。这个政策的后果是灾难性的。就在清朝闭关锁国、沉浸在自我满足之中的时候，西方正在发生翻天覆地的变化。工业革命在英国展开，蒸汽机、纺织机、铁路、轮船相继出现，资本主义市场经济和近代自然科学以惊人的速度发展。法国大革命推翻了君主专制，人权和民主的思想开始传播。美国独立，建立了一个全新的共和政体。这些变化，对于远在北京的乾隆皇帝和他的大臣们来说，要么闻所未闻，要么被当作海外奇谈，不值一顾。
乾隆五十八年，也就是公元1793年，英国使臣马戛尔尼率团来到中国，带来了蒸汽机模型、望远镜、钟表、枪支等当时西方最先进的科技产品，希望和大清国建立正式的外交和贸易关系。乾隆在承德避暑山庄接见了使团，然后发了一道谕旨给英国国王，其中有一段话非常经典：“天朝物产丰盈，无所不有，原不藉外夷货物以通有无。”你大老远来进贡，心意领了，但我要你的东西没用。至于互派使节、开放贸易，更是免谈。英国人花了几个月漂洋过海来到中国，最终一无所获。随团的科学家和画师沿途记录了中国的真实面貌。他们看到的不是“天朝无所不有”，而是一个贫困落后的农村社会，百姓普遍赤贫，官员腐败傲慢，军队装备停留在冷热兵器混用的水平，和欧洲已经有了至少一个时代的差距。马戛尔尼在日记里写下了一句后来被反复引用的判断：这艘东方巨舰，不过是一艘破烂不堪的头等战舰，它之所以在过去一百多年中没有沉没，只是因为有一群幸运的、能干的军官在勉强支撑。一旦一个没有才干的人在甲板上指挥，就不会再有纪律和安全了。
马戛尔尼的判断在后来的历史中得到了印证。嘉庆、道光年间，清朝的统治日渐腐朽。人口压力、土地兼并、吏治腐败、军队废弛、财政危机，所有的问题都在积累，但没有任何人能够做出根本性的改变。道光年间，鸦片贸易泛滥成灾，白银大量外流，朝廷在禁烟问题上的反复和犹豫最终引来了英国的炮舰。公元1840年，鸦片战争爆发。一个沉浸在“天朝”迷梦中的古老帝国，终于被迫面对一个已经将它远远甩在身后的新世界。而这个新世界的入门券，是用炮火和屈辱写成的。
回看清朝前期的历史，我们既不能否认它客观上完成了边疆全域管控、奠定了现代中国疆域基础，也不能回避一个基本的事实：满清统治集团的专制高压国策，严重桎梏中华文明的发展活力。在这个过程中，中华人民承受了沉重的阶级压迫和民族压迫，付出了巨大的牺牲。思想上的钳制和对外关系上的封闭，使中国在人类文明发生剧变的关键时期停滞不前。这个政权把稳定和秩序看得高于一切，为了稳定可以牺牲一切活力、一切正义、一切未来。然而，一个社会如果被压制得太久，它最终会以另一种方式爆发出来。在康雍乾之后的岁月里，各地的起义和反抗此起彼伏，白莲教、天理教、太平天国……苦难的民众用最朴素也是最悲壮的方式表达着他们的不满。当外部的冲击和内部的危机同时降临的时候，这座被外表繁华包裹着的专制大厦，开始从根基处发出碎裂的声响。